医院始建于1950年3月，当时称怀化县卫生院，56年更名为怀化县人民医院，83年县改市称怀化市人民医院，98年撤地改市，升格为现在的地级怀化市第三人民医院。经过50多年的发展，现已成为一所集医疗、教学、科研于一体的现代化综合性医院。1994年该院在全省同级医院中首批通过“二甲”评审，是中南大学湘雅医学院实习医院、南华大学教学医院、怀化医专附属医院，先后被授予全国卫生系统先进集体，省、市文明建设先进单位，市科技兴院先进单位，花园式单位等荣誉称号。
2008年12月顺利通过湖南省卫生厅的三级医院验收，成为国家三级医院。
